虽然某些类型的成本不会阻止企业从云计算计划中获得真正的商业价值，但是，这些成本对于整个云服务的成本好处分析将产生影响。
　　
　　迁移和存储数据
　　
　　把大量数据迁移到公共云服务中并且长期存储这些数据每年将使企业付出数万美元成本。许多企业也许没有意识到有关的开销。
　　
　　White Page公司IT和运营高级主管Hernan Alvarez称，一次性迁移需要数千美元。White Page位于西雅图，为2亿人和1500万企业提供在线合同信息。
　　
　　迁移数据的许多预料不到的成本是网络带宽。云提供商可能收取上载和下载费用以及其它费用，包括内部劳动成本。阿尔瓦雷斯说，人们以为使用云服务没有劳动成本。但是，当你需要升级处理工作量的时候，有管理大量云实例的复杂性，就像管理大量的服务器一样。另一项大的开销是数据在云中的长期存储。当你考虑数据增长速度的时候，在未来的三年里，数据的生命周期成本是非常高的。当数据存储在云中的时候，你每个月都有支付费用。
　　
　　Alvarez说，但是，如果你不理解云的模式，这只是使用云的一项意想不到的成本。如果你考虑处理器、容量和存储需求以及一段时间的图表，并且如果你能够更节省成本地在内部做这个事情的话，你就能够很好地处理这些成本问题。
　　
　　White Pages探索使用云进行数据备份。但是，在广泛地评估8家厂商之后，White Pages认为价格太贵，比在内部做这个事情贵三至四倍。因此，该公司决定把长期保留的数据存储在内部的私有云中。
　　
　　总之，除了存储之外，使用公共云用于其它目的可消除在内部部署和维护应用程序的需求。这家公司在大约两年的时间里一直使用公共云服务，现在使用服务提供商提供的11种不同的云应用。这些提供商包括Salesforce.com、Success Factors、ADP、WebEx和Yammer。Alvarez称，这些服务节省的成本远远超过了意想不到的开销。
　　
　　集成多个厂商的应用
　　
　　位于加州兰乔科尔多瓦的Pacific Coast Building Products公司要开始大规模应用云计算并且已经评估了几家提供商的云服务。但是，CIO Mike O'Dell称，该公司到目前为止还限制使用云服务，因为许多工作还没有完成。
　　
　　原因之一是很难把不同厂商的软件应用程序在云中集成在一起。事实上，依靠自己提供这种集成会增加PacificCoast的云计算成本。
　　
　　例如，Pacific Coast使用微软的Exchange用于电子邮件，使用思科的Unity Unified Messaging用于语音邮件并且有意把这些应用程序都作为云服务。O'Dell称，在云中集成这些应用还没有完成，至少我们上一次看还没有完成。
　　
　　没有集成，用户就不能利用他们现在拥有的一些功能，如他们通过电子邮件收到信息时，就不能在手机上自动删除语音邮件信息。
　　
　　O'Dell称，ERP等更大和更复杂的其它应用程序的集成就更困难。
　　
　　O'Dell称，在SAP方面，我们要把SAP软件放在云中意味着我们必须放弃一些功能或者投入大量资金进行集成。也许这只是一个不成熟的技术。但是，集成方面正是隐性成本所在。如果你从外面不能正确地观察这个事情，最后你可能会对这个结果不满意。
　　
　　测试软件
　　
　　并非每一个软件都适用于云。不适用于云的软件会给云用户带来增加的成本。
　　
　　位于纽约州波基普西市的马里斯特学院副院长BillThirsk称，我们在测试和调试一个厂商的以前没有在云配置中运行的一个应用程序的时候遇到了我们以前没有预料到的开销。
　　
　　马里斯特学院当时正使用这家厂商没有批准的服务器把大规模ERP系统迁移到一个私有云。马里斯特学院使用其私有云向学生、员工和研究机构提供在线服务，如注册和计费申请以及支付等。